益生元可以分为天然益生元和合成益生元，绝大部分商品益生元为合成的寡糖类(聚合度2-10)碳水化合物，药食同源植物中多含有聚合度高、单糖组成复杂的天然益生元。

天然益生元功效更加具有优势：

1、改变菌群代谢能力：素食及杂食者的菌群代谢碳水化合物能力偏向复杂聚糖，肉食者的菌群代谢能力偏向简单糖；补充膳食纤维有助于菌群结构及代谢复杂聚糖能力的恢复。

2、短链脂肪酸通路及可能带来的益处：膳食纤维的糖酵解产物可通过一系列通路最终转化成乙酸盐，丙酸盐和丁酸盐等短链脂肪酸；短链脂肪酸对神经发育、免疫应答、造血功能、血糖稳态等方面有积极作用。